No tenemos noticias exactas del origen de esta hermandad. Solo sabemos que en las descripciones del cardenal Lorenzana, en el año 1782, ya se informa de la existencia de la ermita de san Sebastián. No obstante, la arquitectura de la ermita se remonta al siglo anterior, pues es de estilo barroco, y en las relaciones topográficas de Felipe II, a finales del siglo XVI, se habla de la celebración de la fiesta de san Sebastián. Todo ello nos habla de la antigüedad de esta hermandad.
El 20 de enero celebramos la memoria de este santo mártir romano del siglo III. Se inicia la fiesta la víspera, con la bajada del santo a la parroquia, y el 20 de enero celebramos la Misa y procesión hasta su ermita. En este año 2013 hemos reinaugurado su ermita, después de una intervención integral de restauración. En fin, que la fiesta de san Sebastián es muy querida en Boadilla, aunando a muchos vecinos de la localidad, tanto en las celebraciones religiosas, como en la comida de hermandad, como con el baile típico del rondón.